Kereta api Taksaka mulai dioperasikan pada tanggal 19 September 1999 untuk melayani koridor Yogyakarta – Jakarta. Perjalanan sejauh 517 km ditempuh dalam waktu kurang dari 8 jam dan hanya berhenti distasiun Kutoarjo, Purwokerto dan Cirebon.

Pada tanggal 17 Oktober 2001 diluncurkan KA Taksaka II yang menawarkan perjalanan siang hari dari Yogyakarta ke Jakarta dan pada malam hari dari arah sebaliknya, sehingga sejak itu terdapat dua alternatif pilihan perjalanan KA Taksaka pada siang dan malam hari dari stasiun Yogyakarta – Gambir atau sebaliknya.

Rangkaian KA Taksaka terdiri atas 8 kereta kelas eksekutif dan memiliki kapasitas sebanyak 416 tempat duduk.
Taksaka merupakan nama lain dari seekor ular besar/naga dalam cerita pewayangan yang baik hati dan pengayom.